Очистить систему от Alvex

Попробую обо всем последовательно.

1. Насчёт бизнес-процессов в целом

Если честно, не понял, что именно Вы делали. Поэтому описываю картину полностью.
- Alvex не лазает в базу Alfresco в принципе. Если бы он позволял себе такое, в Alfresco Solution Showcase он не попал бы никогда.
- В Alfresco с версии 4.0 используется Activiti по умолчанию. JBPM при этом в ней тоже имеется, но выключен.
- Alvex первых версий использовал JBPM. При установке Alvex требовалось включить JBPM в Alfresco.
- Начиная с версии 1.2.1 Alvex полностью перешел на Activiti - www.alvexcore.com/en/releases/1.2.1-ce/

Сухой остаток написанного:
- Если у Вас изначально был установлен Alvex 1.2.2, то он использует только Activiti, которая включена в Alfresco по умолчанию. Включать JBPM не требуется.

2. Работа на Alfresco 4.2.c

Даже текущий Alvex плохо совместим с Alfresco 4.2.c, так как Alfresco местами поменяла API - см. предупреждение на www.alvexcore.com/ru/product/download/ Alvex 1.2.2 - тем более. Так что для работы на 4.2.c стоит дождаться следующего корректирующего релиза, благо это в пределах пары недель - см. www.alvexcore.com/ru/news/2012-12-25/

3. Удаление Alvex

Просто удалить файлы Alvex нельзя. Точно так же нельзя просто удалить любое расширение Alfresco, в которое входят модели контента или бизнес-процессы. Это техническое ограничение со стороны самой Alfresco - см. п.4 на docs.alfresco.com/4.0/index.jsp У вас сейчас есть какое-то количество нод в репозитории, которые используют модели из состава Alvex. Могу предположить, что как минимум это инстансы бизнес-процессов из состава Alvex ("Поставить задачу" и прочие). Причем здесь считаются не только запущенные процессы, но и завершенные - они же тоже хранятся в репозитории.

На мой взгляд, у Вас два пути:
- Полное удаление. Сначала удалите все ноды репозитория, которые используют модели Alvex. Потом удалите jar-файлы Alvex.
- Удаление только из интерфейса. Удалите jar-ники Alvex из webapps/share/WEB-INF/lib, но оставьте те, которые в webapps/alfresco/WEB-INF/lib. В этом случае Вы удаляете все интерфейсные элементы (меню, страница оргструктуры, пикер из оргструктуры, аплоадер, дашлеты и т.д), но оставляете нетронутыми модели.